嘉眉雅及成彭汉的工业建设虽然非常重要，但排序仍在军事和屯垦建设之后。为了加快这两项事业的开展，也为了与崇州邛等原辖区的融合发展，经军政联席会议决定，霹雳军向新纳入治下的地区派出了大量基层管理人才，广泛又张贴布告招募青年才俊进入县学、州学进行学习。当下霹雳军的县学和州学统一改名为“孔子学院”，只不过在前面加了前缀，如大邑县学改名为叫“大邑孔子学院”，邛州州学改名为“邛州孔子学院”。孔子学院并不只是教授文学，而是除了军事之外的学科都会教授，政治、物理、化学、医学。
霹雳军实行分级教育体系，每进入上一级教育体系都需要进行考试遴选。最基层的村屯学堂实行义务教育，主要是识字和基本常识的教育，主要是开启民智；乡一级的学堂则开设初级政治、数学、历史、地理、生物课程，这主要是为培养基层实用人才；在县级孔子学院学习的内容则较为高深，并增设了物理、化学等课程，主要是培养工农商各业人才；州级孔子学院教授内容不仅高深，内容更包罗万象，主要是培养中级技术人才和管理人才。至于设在崇庆府的师范学院、医学院、政治学院、工业学院等专业学院，则是培养高级技术人才的专门学校。军事学院由教导旅改组而来，不属于孔子学院序列，而是由参谋部直管，由参谋长兼任院长。
工业对霹雳军的重要性毋庸置疑，为了保证工业建设进度，霹雳军准备在秋收后全力进行推动，为此也做了许多前期准备，如提前开始厂房规划设计，修建工人住宿等，甚至还趁水枯之前将部分机器设备和生产原料运到了彭州和汉州。嘉定府地处岷江干流，受冬日水枯的影响并不大。只不过秋收之后，又有两个新威胁影响了开垦荒地和工业点建设，让屯垦区的民众人心惶惶，甚至不敢单独走出屯垦点。这意料之外的变数，让欧阳轩等一众霹雳军高层十分恼火，就连一向好脾气的鲁德之也连声大喊必须彻底剿灭之。
第一个威胁是兽患。霹雳军刚成军时，鸡冠山中也是野兽众多，对村民构成了严重的威胁，也曾伤及霹雳军人员。一方面为了防止野兽毁坏庄稼，另一面也是吃肉并贩卖兽皮获得资金，欧阳轩当时组织了声势浩大的打猎运动，也借此来练兵。下山之后，霹雳军也继续开展大规模的捕猎行动，野兽那里顶得住围捕，纷纷死在火器之下，要么就逃窜得远远的，不再存在兽患。但辖区外其余地方便是另一回事了，嘉定眉州城旁的情况要稍好些，但山林间特别是偏僻地方常有成群的野猪出没，甚至有狼豺虎豹等凶兽频频伤人。成都府、彭、汉两州的情况则更为严重，这里沼泽密布山林也多，地形颇为复杂，就连喜好游猎的蒙古骑兵也没有意愿大规模猎杀。在他们看来，抢劫比猎杀野兽更划算。那些被蒙古人杀死的百姓尸体，则将野兽们喂得更加膘肥体壮。
第二个威胁则是匪乱。虽然刘黑马负责川西政务，可他根本管不住蒙古骑兵的劫掠行为。作为蒙古人中的相对开明的忽必烈听取了廉希宪的建议，下诏禁止屠城屠村等滥杀行为，但这个诏令根本没有得到执行。川西蒙军的暴虐让不少百姓落草为匪，也有不少地痞流氓摇身一变成为新附军，做着亦兵亦匪的勾当。彭州新附军守将秦麻子兵败身死之后，其手下又重新回到了离州城百余里的九峰山为匪。他们不仅占据山中的铜矿，频频四处烧杀劫掠，甚至将霹雳军一支三十人护卫小队全部杀死，还焚毁了一个屯垦点，死伤了七十余个屯民。
嘉定雅州方向的匪患比成都府和彭汉两州有过之而无不及。除了走投无路落草为匪百姓外，也有不少刘大耳手下的溃兵，只不过这些土匪只是小打小闹。与从西边罗罗斯地区——也就是凉山地区出来的夷民土匪相比，这些都是些疥癣之痒。霹雳军下山之后，出台了不少优惠政策吸引流民，又用民族平等的政策吸