地进入南京城后，就可沿江直扑下关码头，切断十几万南京守军的后路。正因为如此，二人对栖霞山阵地的修筑是不惜余力的。栖霞镇的百姓己全部迁出，镇内的建筑几乎全部拆了用来修建阵地，而栖霞镇只放了一个连的部队，起到了一个预警的作用。
八十八师余部到了栖霞镇后，喘了口气就直接进城了，可是龙潭镇失守的消息也由士兵报告给了四十八师的师长马登瀛。马登瀛立刻下令让四十八师全师做好战斗准备。孙元良一身硝烟的来到南京城防司令部后，见到韩勇第一句话就是：“韩司令，卑职没能守住龙潭镇，有负王司令重托，请王司令处罚。”
对于孙元良这样的蒋系亲信将领，韩勇又如何能处罚他，韩勇说道：“孙师长言重了，丢失龙潭镇也非孙师长之过，日军飞机、重炮加上大口径舰炮都用上了，实在是实力上优势太大了，你一个师挡不住日军也是情理之中。”
听到韩勇这样说，孙元良的心里也好过了不少，韩勇接着说道：“孙师长，你们八十八师经此一役也是损失惨重，你先带着师里的官兵休息一下吧，待我向重庆汇报后再决定八十八师的后面之事。”孙元良也只能无奈的离开了，韩勇这里又将面临栖霞山阵地守卫的问题。
说实话韩勇对四十八师是有些不放心的，栖霞山阵地后面就是尧化门城墙，这里也算是南京市区的最后的屏障了，尧化门这段城墙并不是很坚固，虽有八十七师的一部在驻防，但这里是易攻难守的地型，能否守住南京城就要看四十八师的了。
不过为了预防万一，韩勇还是把民兵第二大队给调到了离尧化门城墙不远的聚宝山下驻扎，这样到了关键时刻，可以用民兵第二大队支援八十七师。教导总队的一个团也一同调到了聚宝山下。不过这样王海涛手上可是无兵可用了。
韩勇下令给萧令山，让他把因工厂关闭后失业的工人以及城里的青壮组织起来，成立民兵第三大队，训练之事仍交给教导总队。这个民兵第三大队所用武器全部用缴获的日式武器，要教导总队抓紧把这个民兵第三大队也训练出来。
日军的长江舰队在帮助第十八师团夺下了龙潭镇之后，再次逆流而上，可是当舰队来到燕子矶江面时，再次遭到了燕子矶上重炮炮台的炮击，双方展开了数个小时的炮战。德制一五零毫米口径重型榴弹炮不仅射程远，准确性好，而且威力也不错，几个小时的炮战让日舰吃到了苦头，不仅是二艘驱逐舰受伤，还有一艘炮舰被击沉，长江舰队无法通过这里的江面，只有退了回去。
这时南京城的一圈阵地都遭到了日军飞机的多次轰炸，在这些阵地上的守军多数没有防空武器，虽然也有部队用轻重机枪组织了对空射击，但收效甚微。日军飞机的轰炸让前线阵地上的守军死伤不少，好在这些阵地上的工事体系完备，工事也相对坚固，因此虽伤亡不小，但还守得住。
方山阵地这里也是日军重点进攻的方向之一，日军第三师团经过补充，又恢复到了二万多人，在飞机和火炮的协助下，猛攻方山阵地和江宁县城。半个月的激战后先是方山阵地失守，接着江宁县城城墙被炸开，日军又在方山上架起了火炮，直接向江宁县城内轰击。守卫江宁的一五九师数次向韩勇告急求援，韩勇手上也无兵可派。最终在损失了近半官兵之后，一五九师余部退守南京卡子门城墙。
日军第三师团占领江宁县之后，或许是因为从江宁往卡子门这里没有大路可行的原因，并没有攻击卡子门城墙，而是顺着大路直扑向了雨花台这边。雨花台身后有中华门和雨花门二座城门，而且中华门又是南京城的南大门，交通要道，因此雨花台阵地和中华门阵地始终是南京城防的重中之重。王海涛也把自己九十军的九十二师放在了雨花台阵地上。
六十九师不仅是在雨花