据皇帝圣旨，对苏轼处以“特责”。
谁也没想到，生死关头，当时当朝居然多人为苏轼求情，宰相吴充直言，陛下以尧舜为法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，犹能容祢衡，陛下不能容一苏轼何也？
王安石也劝神宗说，圣朝不宜诛名士。
但是，关键时候，一锤定音者，还是太皇太后曹氏，她把宋仁宗搬出来干预：“昔仁宗策贤良归，喜甚，曰：‘吾今又为吾子孙得太平宰相两人’，盖轼、辙也，而杀之可乎？”
十二月二十八日，审刑院作出终审判决：“原免释放”，贬官黄州。
宋神宗也下了最终的裁决圣旨：苏轼可责授检校水部员外郎，充黄州团练副使，本州安置，不得签书公事。
其他牵连此案的大小官吏，视情节严重，也都受到了不同程度的处分。
对于受到牵连亲友，苏轼是抱有深深的内疚的。比如王巩，本没有什么罪状，却因苏轼的诗文牵连，远贬宾州（今广西宾阳）。张方平、范缜、司马光等人皆因上书救之，被分别罚铜论处。