魏公公没杀都司程庆，哪怕他知道对方并未真心服从于他这钦命海事提督太监。
因为，杀人立威可用一次，不可用二次。
吴淞口的兵权已经落在魏公公手里，他便不能再杀人。如果此时再杀程庆，最直接的后果就是那些徽州兵人人自危，好不容易得来的“和平”就会再次腥风血雨。
毕竟，魏公公现在是要收人，扩大势力，整顿海军出海发财，而不是胡乱杀人。
再者，杀了管营姜某得罪的仅是应天抚臣一人，再杀程庆等几百徽州兵将却可能得罪整个南直官场。
于应天抚臣处，魏公公浑然不惧，于整个南直官场，甚至于整个南方官场为敌，魏公公的脑袋也不见得有多硬。
况且，无罪擅诛一人，万历那里能接受。无罪诛杀数百人，万历只怕能气的和娘娘一样犯了毒疮。还有绑票东林书院这烂事在，皇爷一旦毒火攻心，魏公公下场堪忧。
说到底，他老人家就算把吴淞水营整顿成了皇家海军，靠的还是万历的虎皮，靠的还是体制内他这个太监身份，没了这个依仗，他什么都不是。
所以，不可滥杀，一来避免无谓伤亡，二来则避免皇爷跳墙。
但程庆毕竟是都司，吴淞水营的二把交椅，任由他在营中自由活动，难保其人不会私下串连，在某个关键节点给魏公公来那么一家伙。
因而，魏公公从码头回来后就立即重组海军机构了。
重组的目的是理清上下关系，确立新的指挥体系，同时也是杜绝一切可能危及海军事业的潜在危险。
这个潜在的危险自包含程庆等人旧有的指挥权力。
吴淞水营现在是封营状态，魏公公下的严令，七日之内，许进不许出。这是确保吴淞水营发生的一切短期内不为苏州方面知晓，等知道也是生米煮成熟饭，皇家海军光荣成立了。
郑铎亲率马队巡视诸营，各营军官也是整肃再三。
得了魏公公赏钱的水营上下，倒也没人埋怨，成为皇家海军、天子亲军的无上荣耀成了水师官兵的动力。
一时间，真是有新气象，新局面。
管营姜某的死，目前为止只有小部分人知道。魏公公密令将管营姜某安葬在上海县境内，重金购的上好棺材，只是眼下不好为这位游击将军立碑。
整顿组建海军，最基本的一个步骤肯定是重新划分指挥权，具体即是剥离旧有指挥体系。
理论上，大明朝实际是没有水师这一军制的，沿海各水师（营）沿用的都是卫所制，如广东水师就是归广东总兵所辖，下设参将、游击、守备、把总。浙江水师则是由浙直总兵提调，下设参将、游击，另外还有一个总捕都司负责打击走私，不过这个总捕都司名存实亡。
福建方面的水师是由副总兵提调，下设参将。福建也设备倭都司，不过这个都司没有战船，有战事须报福建副总兵，再由副建副总兵部署。包括澎湖巡检司也是如此。
简而言之，当下不管是南方的水师，还是北方的水师，名义上都无法独立作战，均由当地总兵、参将提调。
唯一有独立性质，和海事有关联的则是广东和福建的市舶司。
沿海各地的市舶司原先不止广东和福建这两处，而是有多处。永乐年间甚至还在安南和马来等地设有市舶司，都是由内臣提调。不过此后两百年，市舶司不断被废，广东和福建这两处市舶司也是经历几废几立。
市舶司本质上其实就是海关，职责就是管理海上对外贸易。有意思的是，广东和福建的市舶司是十三年前由地方巡抚奏请复立的，而市舶司上交内库的税收却是很少。
这个现象就很有意思了，和吴淞水营的官兵宁可过穷日子，也不敢参与走私一样，让人十分的意外。
甭管哪朝哪代，海上贸易都是官府为主，南宋更是将这海贸做到了国库大半收入的程度。