参与军政
皇太极继位为汗之后，与十四位贝勒议定君臣之间的礼仪，并且盟誓昭告天地。誓词赋予代善与阿敏、莽古尔泰三位大贝勒教训子弟的特权，他们对阿巴泰、阿济格等十一位“子弟贝勒”，有管教之权、辖束之权，如果这些贝勒藐视代善三人，则将短命而亡。
1626年（天命十一年）农历十月初，代善和阿敏等八位贝勒，率精兵一万，往攻蒙古喀尔喀扎鲁特部，生擒巴克贝勒父子及喇什希布、戴青、桑噶尔寨等十四贝勒，斩鄂尔塞图贝勒，俘获其子女人民牲畜之后返回。
1627年（天聪元年）正月初一，后金国举行新年朝贺仪式，皇太极居中，代善与阿敏、莽古尔泰分坐其左右，四人并肩端坐殿上，接受群臣叩拜。
1629年（天聪三年）农历十一月，皇太极亲率大军征明，岳托与济尔哈朗率右翼军夜攻大安口，毁水门而入，击败马兰营援兵于城下。代善和莽古尔泰夜入御帐，不许诸贝勒大臣入内，与皇太极密议说，我军深入敌境，劳师动众人困麻烦，即使攻入明朝边境，也是敌众我寡，建议皇太极立即班师回朝。皇太极虽不满，但面对两大贝勒的共议，又不得不做出让步。当天深夜，岳托、济尔哈朗诸贝勒一起给代善、莽古尔泰施加压力，最终使代善与莽古尔泰收回成议，之后五战皆胜。后金军进逼明都北京，代善率领儿子岳托击败明朝援兵。
南征北战
参见词条：大凌河之战
1631年（天聪五年）农历八月，代善与子岳托率正红、镶红二旗兵丁，参加了皇太极发动的进攻大凌河之战，父子分领本旗兵攻城之西面。金军围城历时三月，击败总兵吴襄等来援明兵四万，生擒监军张春，迫使粮尽援断的大凌河总兵祖大寿开城投降。当时被擒各明朝官员都跪拜在地上，唯独独张春不跪。皇太极大怒，拉弓想要射死张春，代善劝谏说：“这个战俘想以死成名，何必杀死他成全他？”于是，皇太极对张春置之不理。
1632年（天聪六年）年初，代善主动要求放弃自己与皇太极平起平坐的特权。在他的坚持下，皇太极最终同意将代善和莽古尔泰的座位低于自己，分别坐在他的左右。
1632年（天聪六年）农历四月，代善跟随皇太极讨伐察哈尔，越过兴安岭之后，听说林丹汗逃往远处，于是后金军转移目标攻取归化城，大同、宣府，与沙河堡、得胜堡、张家口诸守将议和之后返回后金国。
1634年（天聪八年）农历五月，代善又跟随皇太极进攻明朝，兵出榆林口，至宣府边境外，分兵从喀喇鄂博攻占得胜堡，从朔州进取马邑，在山西大同会师之后返回。
遭受斥责
1635年（天聪九年）农历九月，因为代善私自设宴款待，并馈赠财帛给怨恨皇太极的姐姐哈达公主，皇太极登门责问代善是何居心。之后，皇太极召集诸贝勒大臣会议，罗列代善一系列罪名，并予以当面斥责：“古往今来，无论强大的君主，幼小的君主，拥戴为君的，都是君主。既为君主，就要一统制令，怎能不分轻重？而今，正红旗（代善所统）贝勒等轻视君主之处太多。大贝勒以前随我征伐明国，违背众贝勒意愿欲中途回军。出征察哈尔时，又固执欲回。此外，赏罚不公，偏袒本旗。我喜欢的人，他讨厌，我厌恶的人，他喜欢，这不是离间相互关系吗？”
皇太极在历数代善罪状后，宣布闭宫不出，要众贝勒另选他人为君。于是众贝勒集议，给代善定罪，并跪请皇太极亲政。众贝勒一致谴责代善蔑视汗王的行为，拟革去大贝勒，并削和硕贝勒职，夺去十牛录人口。皇太极给予从宽处理，免革贝勒职，免夺十牛录人口。代善被责以后，克制退让，自居臣僚。
压抑晚年
1635年（天聪九年）农历十二月，代善和诸贝勒再三劝进，拥戴皇太极为帝。当皇太极要诸贝勒