恒温机库内，真嗣站在金属悬桥上，在近处观注视着初号机。此时机体外部装甲已经修复完毕，被泡在20万吨的红色调整液里，只露出硕大的头部，绿色的眼睛（光学镜头）让人不寒而栗。冷却灭菌池内还有一些工作人员在进行潜水作业，采集相关数据。
采用模块化设计的 eva 机体，没有什么部位是不可替换的，修复起来也简单快速。甚至整个第三东京市，几乎所有基建，比如武装大楼、地面装甲都是采用模块化设计，这样遭受破坏后，便于快速重建。
现在的真嗣由于经历多了，气质内敛了几分。凌乱的白发遮住那双引人注目的红眸，自闭症患者讨厌与人，甚至动物产生目光接触。这么近的距离，看着眼前的战斗伙伴，真嗣回想起初号机的资料。
初号机，全称为s2机关完全对应型 evangelion 初号机，是老碇最重视，也是最特殊的机体。其主体材料来自最终教条区的莉莉丝躯壳，而不是亚当，是唯一的莉莉丝复制品。
一开始，nerv 的前身，人工进化研究所（gehirn）对 eva 的控制问题进行深入的研究，发现只有通过“心”的共鸣才能操控机体，eva 本没有灵魂但有意识，心就是机体微弱的潜意识。但是，eva 的“心”人类难以接近和理解。
如果存在一个中介，可以让驾驶员与机体产生精神感应（知觉同调），就能实现对机体的感知与操控。这个中介，就是人类的灵魂。碇唯提出这个理论后，主导开发了 eva 的第一代操作系统。
作为一位天才科学家。也是一位伟大的母亲，她早就知道 seele 的阴谋，预知了第三次冲击可能无法避免。为了人类的未来，以及自己唯一的儿子真嗣着想，她不惜自我牺牲，亲自参与初号机的同步试验。最后，在“意外”中，由于同步率超过400%而失去形体，灵魂融入初号机核心。
自此，eva 的第一代操作系统诞生。此后其他机型的 eva 操作系统也沿用了这个做法，代价是献祭一个人类的灵魂。而且，驾驶员与核心内的灵魂必须为血亲关系，才能获得最高的同步率。
由于融入初号机的碇唯灵魂是完整的，拥有她的全部意志，所以真嗣面临生命危险时，初号机才有护犊子的暴走能力。虽然对真嗣很好，但这意味着脱离掌控，是 seele 不愿意看到的缺陷。
所以，吸取了初号机的教训后，二号机融入的是明日香母亲的部分灵魂。并且磨灭了其中的意识，所以二号机是最稳定成熟的机体，没有暴走的风险。但是，暴走的机体才能解放机体的束缚，发挥最强的战力。为了弥补这个战力不足的问题，二号机还隐藏着“野兽模式”这个解放拘束器的操控模式，强行增大驾驶舱的插入深度，脱离人形变成兽形，获得300%以上的战力提升。代价是驾驶员可能也会遭受精神侵染，失去形体化为 lcl。
可惜人算不如天算，二号机竟然产生了“逆精神污染”的异变，明日香利用体内封印的使徒之力，反向同化了机体，让机体更加靠近“人形”，并保持了野兽模式的攻击力。
这些应该都算是不可复制的意外，seele 的黑科技才是代表先进生产力的发展方向。
到了后期的量产机阶段，seele 已经开发出全自动，无须人类驾驶的第二代操作系统。其优点是再生能力强，大卸八块也不死。缺陷是展开 at 力场强度不足、持续时间短。目前这个黑科技本部还在攻关中，不过由于开发资料尽毁，实现可能遥遥无期。
真嗣扶着下巴，在意识空间里，碇唯向他告别后，去往另一个宇宙。也就是说，现在的初号机核心没有了碇唯的灵魂，他却还能与机体产生 a10 神经同步，这是否意味着碇唯的灵魂还在核心内？真嗣十分疑惑，现在人类面临的威胁仍在，碇