浣熊市被夷平后，潜伏在暗中的诸多组织，都获得了T病毒样本，这种样本随便从一个丧尸身上都能得到。再加上从天空和海洋逃走的变异体，也成了T病毒的泄露源。
所以即便诸天掠夺者威斯克死在了核爆当中，却仍然无法避免T病毒和G病毒的泄露。
只是在现代国家的暴力机构镇压下，相关弱小的组织很快毁灭，强大的组织也只能隐藏于地下世界。而那些逃脱的变异体，也基本成了国家暴力机构和地下强力组织的研究样本，没能真正危害到正常的社会。
因此这个世界的社会还在朝着正常状况发展，只是各国对生化武器的研究，则走上了另外一条不为人知的道路。
这也导致了这个世界表面的和平下，时不时在一些犄角旮旯里，爆发出一些小型的生化危机……
魏燃的老朋友泰勒由于此次立下了重大军功，获得了总统亲自授予的荣誉勋章，但他却宛然拒绝，并且坚定的选择退役。
他和他们分队仅存下来的机枪手柯顿、火力突击手肖恩、狙击手贝西买下了一座农场，过起了悠然的田园牧歌式的生活。
只是三年后，农场附近的小镇却传来活死人吃人的事件，面对陷入危机的家园，他们只能再度拿起了武器。
这一次，他们遇到了克里斯的妹妹克莱尔，并在克莱尔的帮助下，解决了这场危机，并消灭了幕后黑手——镇长。不过给予镇长T病毒的真正元凶，依然隐藏在迷雾中。
泰勒回忆起了与魏燃并肩而战的故事，也想起了这个可能陨落在核爆中的故友。
他现在虽然没有被世人知晓，但是各个大国以及各个组织内部，都流传着他战斗的视频影像，也流传着他的诸多来历传说。
不管这些组织内部如何称呼他，但只有一点是绝对没人能够否认的，他是那场生化危城事件中，最为瞩目的英雄！
于是泰勒重新拿起了枪，接受了克莱尔的邀请和T病毒强化，婉拒了两位战友的劝阻，重新走上了对抗肆意散播生化病毒的恐怖组织道路中。
……
利昂在被FBI拘捕后，送上了军事法庭，并被判处了二十年监禁。
有意思的是，两年后，竟然有浣熊市的幸存者在这所监狱内投放了T病毒。目的是为了报复利昂在浣熊市避难所做的一件事。
魏燃离开避难所前往医院的那段时间，避难所内其实有人被丧尸咬中感染了T病毒，利昂当时心绪杂乱，兼且情势紧张，他不顾受害者家属的感受，直接将其当场击毙。
而后这个死者的兄长出于一种不理智的情感，一直想为亲兄弟复仇。事后加入了某个恐怖组织，并打听清楚了利昂被监禁的监狱。
然后自己注射T病毒，并进入这间监狱，将病毒肆意扩散，致使监狱局势失控。
利昂几乎是九死一生才逃过一劫，然而病毒却以监狱为核心，向周围城镇传播开去。
克里斯正好追踪这个恐怖组织，来到了附近的城镇上，并救下了狼狈不堪的利昂。两人联手暗中配合当地军队将此危机镇压下来。
克里斯向利昂发出了邀请，利昂对FBI的某些毫无人性的做法极为鄙视，因此果断加入了克里斯所在的组织，并接受了T病毒强化，暗中与研究生化病毒的恐怖组织进行对抗。
……
克里斯和克莱尔当初也都被从避难所带走，由于他们是涉及托姆家族对T病毒和G病毒研究的核心成员（所剩下的），因此想要对二人进行长期监视，甚至进行人体试验研究。
这兄妹二人都接受过G病毒强化，并且都有相当不错的军事战术能力，自然不会与FBI合作，强行打破囚笼逃了出去。
之后，受到通缉并且在世界各地流浪的兄妹二人，被某个神秘组织邀请，目的是彻底消灭T病毒与G病毒，还这个世界以清净。
他们当然不