不顾源堂和章珎的反对，执意参加一只考察队，远赴南极基地做研究。
她不可能不去的。
Seele很看重碇唯的能力，一定不会放过她。而碇唯似乎也有什么事想做想准备，所以她一定会积极参与相关研究。
意识到这点，章珎早早放弃了劝说，只有碇源堂还一副心神不宁的样子，反复劝解她。
好在碇唯去南极所花时间不长，很快就回来了。
而那时，章珎已经考入了京都大学。
就在碇唯回日本不久，南极基地发生了重大事故，那支带碇唯去南极科研的考察队全军覆没。除了事发前被葛城队长用保护舱小心隔离起来未成年的女儿葛城美里，整片南极，无人生还。
这一次事故，在内部，被称之为“第二次冲击”。
南极的悲惨事故，源自亚当的觉醒。那是一场人为引发的灾难，Seele为了掌握决战的控制权，不惜献上无数人的未来，命令南极的科学家们对亚当本体进行极为危险的接触实验。
Seele如愿了。
伴随着亚当的苏醒，巨大的光翼从南极基地一直展开到太空之中，白色的、通体发光的、身形庞大如山的亚当释放了自己的力场，使南极地区发生了一场破坏力远超核弹的大爆炸。
爆炸之后，海平面上升，地轴偏转，接连而来的海啸、地震等自然灾害席卷全球。
曾经的日本东京市被海水淹没在下。全世界的气候也都受到了南极异变的影响，很长一段时间里，气候变化异乎寻常，要么干旱、要么洪灾，饥荒和人道主义灾难持续发生。
如果说第二次冲击之前，章珎对Seele的性质尚有怀疑，那么现在，他已经能十分肯定了。
能毫不手软地促成这样全球性的灾难，连累数十亿人陷入生存困境。无疑，那伙老而不死的老头子都是一群不把别人的命当命的混账东西。
碇唯为他们做事，碇唯肯定也清楚南极的事。那碇唯又是怎么想的呢……
碇唯只是微笑，不肯回答章珎的任何问题，章珎便不再追问。
他考入京都大学后表现优良，同样得到了Seele的青眼。几乎是在同时，Seele抽来了全日本最优秀的科研专家，集中在箱根，开始准备在地下的黑之月上建立名为Gehirn的人工进化研究所。研究所宣称，自身存在的目的，是为了预防第三次冲击的到来。同时，研究所还将负责承担对使徒这一威胁的调查、研究，以及歼灭工作。
值得一提的是，碇源堂就是人工进化研究所的所长。
他与碇唯相识之前，只是一个普通的记者。资历远不够人工进化研究所招人所需的门槛。
加入研究所的机会还是他向碇唯主动争取来的。
现在一切就很清楚了，不管碇源堂到底有多爱碇唯，他接触碇唯的目的都是不纯洁的。
但碇唯就像是铁了心一样地喜欢那个男人。
聪明、有能力、有主见的女性，相当有魅力，但也最让人头疼。
比如碇唯。她一旦决定了什么事，意志就会过分地坚定，水泼不进，死不动摇。即使是掌握一手洗脑神功的章珎，也拿她没办法。
他实在摸不清碇唯究竟是突患恋爱脑，还是在盘算着反过来利用碇源堂做事。总之，日本这个地方当真是一地混水，他待着只觉得无趣得很。
章珎大三那年，因为他的教授冬月辞职进入了位于箱根的人工进化研究所总部，章珎索性申请出国交换，去了中国的高校，并在北京加入了人工进化研究所中国分部。
他表现优异，短短时间内连跳数级。正当章珎在中国分部过得如鱼得水的时候……
从日本传来噩耗，碇唯因为实验事故去世了。
碇唯在日本人工进化研究所总部做出了极为巨大的贡献，她提出了许多的理论，使日本总部顺利生产