天地之初, 万物混沌。后生星辰，乃有生命。
荒古时代，地球形成，它得天独厚, 自带一枚白色的生命之卵。这颗生命之卵内栖息沉眠着一个巨型生命，后人为他命名为“亚当”。又过了数亿年, 另一颗带着黑色生命之卵的天体来到了地球, 这颗生命之卵内沉睡的生命，后人称其为“莉莉丝”。
亚当与莉莉丝的第一次接触, 引发了大地上第一次生命的冲击。亚当所拥有的白之月, 生出了十五个具有强大生命力和战斗力的使徒；莉莉丝所拥有的黑之月，则生出了人类。
如今的世人总说多子多福、枝繁叶茂是可喜可贺的事，但这些当事者却没有这么想。对使徒与两位生命始祖而言, 现在这个情况并不让人满意。
使徒拥有生命的果实，与无与伦比的超常战斗力, 却没有进化的智慧。人类拥有莉莉丝所赋予的智慧之果, 但却没有使徒那般能与天地同寿的生命力。
二者都是残缺的生命, 为了赢得最完美的进化状态, 彼此间迟早会发生一场厮杀。
或许生命的结合与诞生，消耗了各自太多的力气。那之后的四十亿年里，亚当、莉莉丝，以及那十五个使徒，纷纷沉睡。只有人类，独自地、寂寞地在这颗星球上存活下来, 并不断繁衍生息。
1947年开始，已经进入现代文明的人类在死海西北部基伯昆兰的旷野山洞里，发现了一些古代文献。文献记载了荒古时期地球上曾经发生的故事，并预言了不久之后人与使徒间必然爆发的一场战争。
人类依循着死海古卷，先后在南极与日本箱根，找到了沉眠之中的亚当与莉莉丝。这一惊世的发现，证明了死海古卷的真实性。
莉莉丝是人类之母，她沉静，无害，不是人类的威胁。而南极的亚当则有些不妙，在当时，他已经有了一点点苏醒的征兆，尚未觉醒的亚当所表现出来的惊人的能量，足以让全人类为之胆寒。
为了延缓最终决战的爆发时间，提高人类的胜率。全世界的政府秘密联合起来。他们投入了巨大的资本和力量，分别在南极和箱根两处建立了地下基地，开始研究这两位始祖的能力。
生存，生存，人类为了在这场胜率微小的战争中幸存下来，毫不吝啬地将整个世界的资源向战前的准备倾斜。
各国的高等学府，都在为迎接那一天的到来而开展了相关的研究。
其中，一位年轻的日本女性表现最为亮眼。
她叫碇唯，时年22岁，就读于京都大学生物工程系，尚未学业毕业，就已经凭借着她超常的学识，提前进入了唯一有能力决定这场关系全人类共同命运的战争的巨大组织——Seele。
前途无量。
而章珎，现在是她的弟弟。
父母早逝，章珎几乎是被碇唯给带大的。碇唯聪慧，美丽，性格冷静又有趣。无论是作为姐姐，还是作为一位女性，她都称得上极有魅力。和这样的人相处，本身就是个非常轻松享受的过程。
章珎这具身体现在17，受碇唯的影响，现在正在为报考京都大学同专业而学习。
前些日子，碇唯写过一份非常有趣的生物科学报告，章珎看过后，颇感兴趣。
那份报告意义重大，很有可能改变人类反击使徒的艰难现状。
碇唯年纪轻轻就能进入那个组织，成为得力干将和未来的种子专家，令不少人为之艳羡。但从她的态度和偶尔流露的只言片语来看，所谓的Seele，其目的似乎不只是抗击使徒那么简单。
章珎想了想，越想越觉得有趣。
如果可以，他有点想进入那个组织，毕竟“拯救即将毁灭的世界”什么的，好像还挺好玩的。
就当章珎最起兴的时候，碇唯这天回到家，给他带来了一个相当劲爆的消息。
前途无比光明的碇唯对弟弟微笑着说，