“同学们,今天开始，这位小朋友就要在我们班上和大家一起学习了。柯南，向大家做个自我介绍吧！”帝丹小学1年级B班的班主任小林澄子推了推眼镜，低头看了一眼刚转入他们班级的这个孩子。
背着小学生书包的工藤新一有些尴尬,在无数个真正小学生好奇的目光中,他硬着头皮走了上去，结结巴巴地将自己事先编好的身份和经历简单说了一遍。
在小孩子们热烈的鼓掌声中,小林澄子老师给他安排好了座位,他赶紧坐到自己的座位上。
原本以为自己作为一个真正的高中生,智力也远超常人，应付小学生活应该绰绰有余,可没想到,刚下课他就被几个叽叽喳喳的小鬼头缠住了。
“呃，你是说，要我加入你们的侦探组织？”柯南看着眼前三个期待地望着自己的小孩子,从刚才他们几人的话语中艰难地提取出他们几人的名字,“小岛同学，吉田同学，还有圆谷同学,你们喜欢玩侦探游戏的确很好，但我就不加入了吧？”
“为什么？”见这位新转来的同学直接拒绝了他们，三个小学生又开始叽叽喳喳地进行劝说工作。工藤新一被他们几个吵得头都要炸开了,稀里糊涂便答应了下来。
“耶，江户川同学答应了！”三人觉得自己帮助这个可怜兮兮的新同学融入了集体,做了一件大好事，于是欢呼着在空中击掌，庆祝他们少年侦探队又添一员猛将。
即使身在同一个教室,这几个孩子永远也不会想到，刚和他们说过话的江户川同学，正在经历世界上最不可思议的事情，追查的也是世界上最危险、最邪恶的庞大犯罪组织——
那天他跟着小兰回到毛利侦探事务所后，不出所料遭到了毛利大叔的嫌弃。但是马上，在暗中帮助毛利大叔解决一起绑架案后，对方觉得明显是他的到来带来了好运，这才同意他暂住在毛利家。
只是毛利家并没有多余的客房，因此工藤新一晚上只能和毛利小五郎睡一个房间门。
第一次经历这样离奇的事情，他完全睡不着。看毛利大叔打着鼾睡得死沉，工藤新一悄悄地溜出了房间门，想出来透透气，顺便看看小兰怎么样了。
出乎他意料，毛利兰的房间门还亮着灯。
透过未关的房门，他看到少女正躺在床上，双目无神地盯着没有一丝动静的手机。
许是听到脚步声，毛利兰一惊，向门口看去。见是穿着睡衣，呆呆地看着自己的柯南，她强打精神，走了出来，温柔地问：“怎么了，柯南，是住得不习惯吗？”
“你是在想工藤新一……新一哥哥吗？”看着小兰恬静的笑颜，工藤新一脱口而出。
毛利兰一愣，旋即大大方方地点点头：“是呀，新一他连招呼都不打一声就突然跑去查案，我很担心他。”
月光下，少女的眼睛仿佛沁着一层朦胧的水汽，让工藤新一愧疚得不敢抬头。
见这个小孩子脸上居然露出这么复杂的表情，毛利兰噗嗤一笑，拉着对方的手，带他回到毛利小五郎的卧室。
在告别前，毛利兰蹲了下来，看着江户川柯南的眼睛，认真地说：“柯南，虽然不知道你究竟在害怕什么，但不管以前发生了什么，只要你在我和爸爸的身边，我们都会保护你的！”
躺在床上，想着今天发生的一切，工藤新一渐渐睡着了。
等醒过来，他就收到了阿笠博士亲自过来送给他的帝丹小学入学通知书。
不顾毛利父女二人还在一旁，工藤新一将阿笠博士拽到一旁，低声询问：“博士，这是什么？难道我还要回去上小学吗？”
阿笠博士一摊手，无奈地说道：“其实为了防止你的身份穿帮，昨晚我已经和你的父母谈过这件事了，为了避免被那些黑衣人盯上，他们都希望你先保持现在的身份生活，等他们从国外出差回来再想办法。”
听到父母想插手这件危险