自那之后，绫波丽再也没有和李林私下接触过。
她就像是平常那样，作为EVA的驾驶员等待着，配合着治疗，即使零号机已经损毁也是一样。
这期间，发生了很多事情。
首先是李林消失了，没有任何理由,但Nerv基地中有传言，失踪的当天，第三新东京市内曾经出现过枪击案。
这个案子并没有被大众所熟知，只是在Nerv中有着些许传闻。
但绫波丽却清楚，这一切书中记载的使徒有十八个，除了被人类控制的第一使徒和第二使徒外，剩下的使徒就是李林（LILIN）——人类。
而在这期间里，绫波丽也因为记忆的苏醒，沉睡在她身体中的力量也开始不受控制的增长了。
说起来很可笑，在众多使徒攻击下屹立不倒的Nerv基地，最后真正战胜它的反而是人类自己。
碇源堂偷偷发展自己的计划这一事件早已被SEELE所发现，当所有使徒消灭的那一刻，最后一位使徒人类便展露了獠牙。
面对使徒而建造的第三新东京市，却意外的没有任何对人措施。
曾经防御了诸多使徒攻击的装甲，面对数以万记的N2地雷直接被爆破开来，这是谋划已久的，全球各个地区的超级计算机也在同一时间试图入侵Nerv总部的超级计算机。
内忧外患之下，Nerv根本无法抵抗。
惨绝人寰的大屠杀，在这一刻开启了。
而这一次，奈欧斯却没有出现。
正如他说的那样，人类自己的选择，谁也无法干涉。
只是，这一切也在碇源堂的计划中。
混乱之中，他带着绫波丽来到了Nerv基地的中央教条。
所有人都被耍了一道。
就连SEELE都认为，中央教条中的巨人是第一使徒亚当，但其实是第二使徒莉莉丝。
不过，现在的莉莉丝只是空有肉体，没有灵魂，她的灵魂——在绫波丽的身体内。
是的，绫波丽便是第二使徒，莉莉丝。
这具身体，也不过是禁锢灵魂的囚牢罢了。
但现在，绫波丽已经觉醒，碇源堂的计划也到了最关键的时候。
他摘下了手套，手中有着一个胚胎，那是第一使徒亚当。
当亚当与莉莉丝相遇的瞬间，人类补完得以实施，而他，也就能看到自己朝思暮想的妻子。
他为这一切计划了许久，对于绫波丽的控制也是因为这个原因。
因为他要一个听自己话的莉莉丝。
“丽，拜托了。”
说着，他将带有亚当胚胎的手伸向绫波丽。
但是下一秒，他的表情呆滞了。
咔嚓——！
绫波丽一抬手，碇源堂的手被齐根斩断，落在了绫波丽的手中。
“我不是你的人偶。”
冷冷的说了这么一句，绫波丽将亚当胚胎放在了自己的胸口。
紧接着，肉体张开，亚当胚胎融于身体之中。
随后，绫波丽不再看碇源堂，身体缓缓浮空，朝着莉莉丝那巨大的身体飞了过去。
“等等，等等我，丽！”
最终时刻，功亏一篑，碇源堂只能待在原地，无力的大喊道。
对此，绫波丽没有动摇，只是留下了这么一句话：
“他在等我·····”
这个世界的人类命运，在神明的意志下，交给了异世界之人手中。