距离苏格兰死亡，已经过去了三年左右的时间，在这三年的时间里，组织一位冉冉升起的新星，黑麦威士忌，被发现是FBI的卧底。
百利和琴酒想将他的尸体留在组织，但最终被他逃脱。可是他的女友，宫野明美还留在组织，琴酒想要按照规定杀了她，却被从美国赶到日本的宫野志保拦了下来。
最终这件事，宫野志保以药物为威胁，让组织放过了明美。但她们姐妹两人，也受到了组织严密的监视。
而九条千惠，也因为在她负责的三个人中，有两个都是卧底，而受到组织的怀疑。最后，被那位先生调回美国接受惩罚。
“琴酱，我已经到日本了，你不用来接我了。”九条千惠走在路边，和琴酒通着电话，身后，身穿黑色西服的诸伏景光拉着行李。
而在另一边，琴酒嘴里叼着烟，脚踩在任务目标的胸口，一只手接电话，另一只手拿着枪。
“既然这样的话，我就不去了，明天你自己来基地找我。”千惠摆摆手“是，是，阵酱。”说完也挂断了电话收起手机。手放在背后，一蹦一跳的来到诸伏景光面前。
“景光，为什么跟在我身边的这三年里，就没见过你笑过啊。我给你的福利都是最好的。”诸伏景光用那坚定的目光看着眼前的九条千惠。
“我是一名公安。”哪怕，现在只能听从你的命令。“唉～，曾经公安的诸伏景光已经死了，现在的你，成为我的诸伏景光，不好吗？”
就在这个时候，前方的路口窜出来一条狗，上面似乎还坐着，一位身穿蓝色西服的小孩。“景光你看见了吗？我们跟上去看看，我觉得会是一件非常有趣的事情。”
千惠和景光，跟着前面的骑狗少年，来到了一所学校内。“钱就放在百神井公园的凳子上，我拿到之后，就会放你女儿回去的。”身穿黑色衣服的男子手里拿着电话，眼神冰冷的，看着绑倒在身边的小女孩。
“让我再听一次晶子的声音。”电话里传出的声音似乎是这位女孩的父亲。“哼，待会儿再慢慢听吧。”说完就挂断了电话，手里举起刀来到女孩面前。“你已经没用了。”
“嗯——嗯——”女孩身体被绑住，嘴也被封，无法动弹，只能恐惧的看着眼前的男人。
“住手。”就在这时门口传来声音，让男人吓了一跳，他手上拿着刀小心翼翼的走到门口，却被一条狗扑倒在地。
刚刚骑在狗背上的少年，也悄悄地走进来，撕下女孩嘴上的胶带。
“你是谁呀。”女孩也询问到“我是工藤新一呃，不是。江户川柯南是个侦探。”绑架犯这时也将狗狗打跑，手上拿着棒球棍挥向江户川柯南。
柯南想要反抗，但最终不敌，被击倒在地。“可恶！忘记现在的身体已经变成小孩了，现在该怎么办！”
绑架犯，面目狰狞的走到柯南身前，却没有注意到，来到他身后的诸伏景光。景光一脚踢在他膝弯处，让他跪倒在地，手中的棒球棍掉落在地上，被千惠捡起。
绑架犯觉得大事不妙，起身向门口跑去，九条千惠站在他身后扔出手中的棒球棍，直击绑架犯的后脑勺。
“好耶！大满贯。”千惠高兴的举起手，。在原地蹦起。毛利兰和毛利小五郎这时也赶了过来。“柯南你没事吧。”毛利兰担心的扶起地上的柯南，又解开女孩身上的绳子。
毛利小五郎，则走到躺在地上的通缉犯身边，踹了两脚。“你就是歹徒了吧！可恶，可恶，可恶。绑架犯被我名侦探毛利小五郎给制服了，哈哈哈。”
见小五郎这个样子，毛利兰咬着牙说道：“爸爸，这里还有人在呢。”毛利小五郎这才看到，站在一旁的九条千惠，和诸伏景光两人。
“没关系哦。”千惠走到小兰身边，“我们又见面了呢，毛利兰小姐。”毛利兰也有些疑惑，“我们以前见过吗？”柯南也在一旁点点头