荀彧出身颍川荀氏，荀子之后。其祖父荀淑知名当世，号为神君。荀淑有八子，号称八龙。荀彧的父亲荀绲曾任济南相，叔父荀爽曾任司空。荀绲忌惮宦官，于是让荀彧娶中常侍唐衡的女儿为妻。因为荀彧年少时有才名，才得以免于别人的讥议。[2]后来南阳名士何颙见到荀彧，大为惊异，说道：“这是王佐之才啊！”
永汉元年（189年），被举孝廉，任守宫令（掌管皇帝的笔、墨、纸张等物品）。九月，董卓废少帝刘辩，立献帝刘协。十一月，董卓自为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿。
荀彧弃官归乡。对父老说：“颍川是四战之地，如果天下有变，那就会经常受到侵略，应该早离去，不能久留。”但乡人们多怀恋故土，不愿离去。时冀州牧同郡韩馥派人接荀彧，却无人相随。荀彧只得独自将宗族迁至冀州避难。[3]
到冀州后，冀州已为袁绍所得，袁绍见荀彧来，待之为上宾。荀彧弟荀谌和同郡辛评、郭图都在袁绍手下。荀彧却认为袁绍最终不能成大事。
初平二年（191年），荀彧离袁绍而投曹操。曹操见荀彧来投，大悦，说：“这是我的子房啊！”于是任荀彧为别部司马，荀彧时年二十九岁。
当时董卓威陵天下，曹操问计于荀彧，荀彧说：“董卓残暴已经超出常理，一定会因祸乱暴毙，不会有什么作为的。”后董卓派李傕等出关东，虏略各地，至颍川、陈留而归。荀彧乡人多数死于战乱。[4]
谋能应机
初平三年（192年），曹操领兖州牧，后为镇东将军。荀彧则以司马身份随其征战。
兴平元年（194年），曹操东征徐州牧陶谦，张邈、陈宫乘机在兖州反曹，暗中迎接吕布。时荀彧和寿张令程昱守鄄城（今山东鄄城北，兖州治所），吕布到后，张邈派刘翊告诉荀彧：“吕将军来帮助曹使君进攻陶谦，应该马上供给他们军备粮食。”众人疑惑，唯荀彧知其计，立即命令军队加强防，并急召东郡太守夏侯惇。而兖州诸城皆响应张邈，投靠吕布阵营。当时曹操率大军出征，留守的兵力很少，而且很多人都与张邈、陈宫勾结。夏侯惇到后，乘夜诛杀谋反者数十人，军心乃安。
豫州刺史郭贡受吕布煽动，率众数万来攻，军中甚惧。郭贡要求见荀彧，荀彧准备前往，夏侯惇等人说：“您是一州的屏障，如果前往一定会有危险的，不可以去。”荀彧说：“郭贡与张邈他们，平素并没有什么往来，现在来得急，计划肯定还没有定下；现在趁他计策未定来游说，就算不能帮助我们，也可以使他保持中立，如果先怀疑，那他就会恼怒而定计了。”于是出城会见郭贡，郭贡见荀彧毫无惧意，认为鄄城易守难攻，引兵而去。荀彧又与程昱定计，保全了范、东阿。卒全三城。不久，曹操回师濮阳击败了吕布。
兴平二年（195年）正月，曹操击败侵入定陶（今山东定陶西北）的吕布军。五月，曹操向驻军巨野（今山东巨野东北）的吕布部将薛兰、李封发动攻击，吕布亲自援救，被曹操击败，撤退而走。曹操歼灭巨野守军，斩薛兰、李封，乘胜进驻乘氏（今山东巨野西南）。[5]
世之论者
此时，陶谦已死，曹操获悉后，打算趁机夺取徐州，再回军消灭吕布。荀彧劝阻说：“当年汉高祖保守关东，光武帝占据河内，都是先巩固基地以控制天下，这样进可以制胜，退可以固守，所以虽有困难曲折却最终能完成大业。将军本来是凭兖州起事，平定山东祸乱，百姓无不心悦诚服。况且兖州跨黄河、济水，是天下要冲，现虽残破，但还可以自保，此地就是将军您的关中、河内，不得不先稳定它。如今我们已击溃了李封、薛兰，如果分兵东击陈宫，陈宫必定不敢西顾，我们趁机组织队伍收割麦子，节约粮食，储备谷物，就可以一举打垮吕布。然后向南联合扬州的刘繇，共讨袁术，以控制淮水