人类也在这个时期诞生，雷吉奇卡斯觉得这个世界不美观，开始移动大地板块，形成了各大地区，分别在史前时代、石器时代、冰河时代、铁器时代、电器时代，分别创造出了雷吉铎拉戈、雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇鲁、雷吉艾勒奇。
而它们藏于现在芳缘地区，并作为打开在神奥地区雪峰神殿的钥匙，在迦勒尔地区出现了雷吉艾勒奇与雷吉铎拉弋，因为当时的人类惧怕它们，便用器具困住了雷吉艾勒奇，雷吉铎拉戈被人类封印在神殿的深处。
在这期间帝卡卢卡、帕洛奇亚因为未知的原因，发起了第二次战斗，因为双方的力量的碰撞，让席多蓝恩从岩浆中诞生。
随着时光的流逝，不说过了多少万年？约在3000年前，包括梦世界开始了分支，出现了许多个平行宇宙。
无极汰那伴随陨石来到了，远古加勒尔地区，试图吸收迦勒尔地区的力量维持生命，导致了暗夜现象，但是苍响与藏玛然特成功的驱走了暗夜，拯救了迦勒尔地区，成了迦勒尔地区的传说流传了下来。
在双方的战斗中，无极汰那在战败前身上力量扩散了出去，试图想毁灭整个地区，可是没有想到部分宝可梦吸收了这股力量，出现了极巨形没有摧毁这里。
而在同时，远古的卡洛斯地区发生了一场战争。当时的国王AZ失去了最心爱的花叶蒂，为了复活花叶蒂，用天降的陨石，制作了日晷再加上泽尔尼亚斯、伊菲尔塔尔的力量，制造了最终兵器，成功的复活了花叶蒂，在最终兵器的影响下，许多的进化石发生了变异与一些宝可梦发生了不可思议的联系，出现了最终进化，而后面的人称为超越进化的进化，简称超进化，而那些石头称为进化钥匙。
达成目的的AZ，无法原谅这个给他痛苦的宝可梦世界，利用终极武器日晷，被毁灭卡洛斯地区，可是在这个时候，基格尔德察觉了这一切，发起了攻击，终阻止了终极武器日晷，而那恐怖的力量注入了地心之中，基格尔德使用自己的力量，把它封在地形之内。
而花叶蒂得知了这一切，为了复活它，AZ牺牲了大量的宝可梦后，对AZ从此失望，永远的离开了他，AZ因为花叶蒂的离开痛苦万分，是受到日晷的影响，他获得永久的生命，在求死不能的情况下，选择流浪世界。
随着时间的流逝，1000年后，和颗前所未有的巨大陨石撞击了芳缘地区，形成了现在的流璃市，陨石撞击导致大量的自然能量从地底泄露出来，原始固拉多与原始盖欧卡再次苏醒，对着巨型钥石的陨石祈祷，而烈空坐回应的祈祷，在次出现时已经进行了超进化成为了超级烈空坐，获得平息了两者之间的战斗。
祈源的人们开始自称为“流星之民”，尊称烈空坐为龙神大人，为烈空坐制造天空之柱，世代侍奉。而AZ见证了这一历史，并将超级烈空坐称为“德尔塔”
在2500年前，合众地区是要一对双胞胎和一个神龙，共同创立的国家。在古代之宝建造完成后，双胞胎中的哥哥开始追求真实，而弟弟追求理想，由于目标不一致，兄弟之间的间隔越来越大，最终逐渐发生战争。
神龙分裂成为了道之三龙之一的真实之龙雷希拉姆、理想之龙捷克罗姆，双方战斗难分胜负。雷希拉姆与捷克罗姆谁都无法战胜对方，最终在双方消耗巨大生命能量后其身躯华为的两颗石头，陷入了永久的沉睡当中。那两颗石头被后人称为光久的沉睡当中。那两颗石头被后人称为光芒石与暗黑石。
最终意识到错误的双胞胎，最后结束的战争，但是此时为时已晚，战争破坏了龙脉，混乱的龙脉力量，侵蚀着整个大地。
为了平息混乱的龙脉，双胞胎的父亲决定用比克提尼的力量，在付出生命与比克提尼永远无法出去的代价后，终于恢复了混乱的龙脉。
双胞胎开始反省，把巨龙化成的石头安置在无人知晓的地