后日，董卓在朝会上提出废立之事，并以霍光之事为例，自比田延年（谁反对就立刻处死），满朝文武只有尚书卢植站出来抗辩，董卓被顶撞得无言以对，气得罢会。
后来，董卓还想寻找机会杀害卢植，议郎彭伯等人出面劝阻道：“卢尚书是海内大儒，士人之望！如今若杀他，天下人都会震惊失望。”
董卓只好作罢，仅将卢植罢职免官。不久，卢植以年老身体不适为由，请求返回家乡涿县。等董卓批准后，卢植便走小路离开洛阳，但他并未前往涿县，而是前往河内郡寻求庇护，董卓果然派人追杀而不及。
几日后，在崇德前殿，尚书丁宫主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下皇座，解除玉玺印绶转交给刘协，然后扶刘协正式登基，是为“献帝”。
紧接着，董卓让尚书宣读策文，并弹劾何太后害死董太皇太后的罪责，将其罢免，迁入永安宫。
又过了两日，何太后被毒杀身亡。董卓不允许朝廷为何太后举办丧礼，而是让刘协到洛阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣们穿白衣上朝三天。
随后，董卓为了拉拢袁术，上表请求任命袁术为后将军，袁术不肯依附于董卓，逃至南阳避祸。
远在长沙的太守孙坚得知董卓的所作所为之后，拊膺长叹：“如果当年张温听了我的话，朝廷哪会有这场浩劫！”
随后，孙坚起兵讨伐董卓，兵到荆州，逼死了荆州刺史王睿；兵到南阳，杀掉了南阳太守张咨，引兵投奔袁术。
南阳人口还有百余万，但是袁术不守法度，四处劫掠，只为满足个人私欲，这使得当地百姓十分忧虑。袁术得到孙坚之后，上奏朝廷表孙坚为破虏将军，领豫州刺史。
同时，朝廷遥封远在幽州的幽州牧兼太尉刘虞为大司马，董卓则由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，更封郿侯。
月末，董卓又联合司徒黄琬、司空杨彪一同携带鈇锧到朝堂上书，要求为建宁元年（公元168年）九月政变时，被诬陷为叛贼的陈蕃、窦武以及次年在“第二次党锢”中被捕遇害的众多党人平反。刘协准奏，恢复陈蕃等人的爵位，并提拔他们的子孙为官。
与董卓亲近的周毖、伍琼二人，又为他推荐了原大将军府官员何颙、郑泰，他们也都成为了董卓的幕僚。董卓在幕僚们的建议下，亲近士人，征召名士荀爽、韩融、陈纪、蔡邕等人入朝为官。
除了蔡邕之外，其他名士畏惧董卓的势力，不得不前往洛阳。
同时，董卓又选拔大量名士，如韩馥、刘岱、孔伷、孔融、应劭、张邈等人担任地方太守等要职，甚至不计前嫌，对厌恶自己而弃官而走的袁绍、王匡、鲍信等人授以太守，以示和解，求取合作的空间。
董卓在幕僚的建议下，为了与士人和解，做出了许多让步，但这些名士却并不领情。他们赶到地方上任后，立刻举起义旗，反抗董卓。
不过，此时的董卓仍然对与士人和解心存一丝侥幸，但接下来发生的一件事情，却彻底打破了他的幻想。
却说曹操自从成为董卓的幕僚之后，与董卓一系的官员打得火热，已经得到了出入相府和洛阳各门都无需禀报的特权。得到这一项特权之后，曹操就可以实行刺杀董卓的计划，然后再从容地逃离洛阳，加入讨董大军。
因此，曹操选择在九月底的一天进入太尉府刺杀董卓。
这一日午时，曹操像往常一样，大摇大摆地走进太尉府，守门的侍卫果然没有去阻拦他，这让他对此次计划又增添了几分信心。
曹操十分惬意的在太尉府内散着步，过了一会儿才来到董卓的卧房外。他惊奇地发现董卓正在睡午觉，而吕布也并没有随行左右，这岂不正是天赐良机！
曹操稍稍平复了一下心情，笑呵呵地朝着卧房内走去。
不过，两个守在卧房门口的守卫却并没有放