万历二十一年（1869年），朱翊钧打算将皇长子朱常洛、皇三子朱常洵、皇五子朱常浩一并封王，内阁首辅王锡爵密奏朱翊钧，请由皇后抚育长子，如此长子就是嫡子。
对于王锡爵的建议，朱翊钧没有回复。但这个密奏的建议很快便被泄露了出来。
由于王锡爵的建议中提到了一直以来被朝臣们忽视的皇后，于是，众人纷纷指责王锡爵阿谀顺上。
因此，王锡爵无奈请辞，而朱翊钧也收回了三王并封之命。
万历二十六年（1874年），“第一次妖书案”发生。
一个自称“燕山朱东吉”的人写了一篇《忧危竑议》，以传单的形式在京师广为流传。
文中采用问答体形式，专门议论历代嫡庶废立事件，影射“国本”问题。
此文一出，立即引起了轩然大波。
朱翊钧看到《忧危竑议》后，大为恼怒，可又不想把事情闹大，不好大张旗鼓地追查作者。
于是，下令逮捕曾经上疏请立皇长子为皇太子、指斥郑贵妃的樊玉衡和戴士衡，以“结党造书，妄指宫禁，干扰大典，惑世诬人”的罪名，将他们分别谪戍广东雷州和廉州，草草结案。
万历二十九年（1877年），朱翊钧立皇长子朱常洛为太子。
同时，立皇三子朱常洵为福王、皇五子朱常浩为瑞王、皇六子朱常润为惠王、皇七子朱常瀛为桂王。
至此，这场长达15年的“国本之争”，以朝臣们获胜而告终。
而这场“国本之争”，一共逼退四任内阁首辅和十余名部级官员，涉及中央及地方官员人数达300多位，被罢官、解职、发配充军者达100多人。
但事情至此还没完。
万历三十一年（1879年），“第二次妖书案”发生。
一份题为《续忧危竑议》的揭帖，一夜之间，出现在上至宫门、下至街巷的京城各处。
就连内阁大臣朱赓的家门口，也发现了这份类似于传单的东西。
书中假托“郑福成”为问答，指责郑皇贵妃意图废太子，册立福王朱常洵为太子。
朱翊钧得知后，大为震怒，令东厂及警察总署立即搜捕造书者。
由于《续忧危竑议》中，指名道姓地攻击了内阁大臣朱赓和首辅沈一贯，说二人是郑皇贵妃的帮凶，二人为了避嫌，只得待罪在家。
而此时的内阁大臣只有三人。朱赓和沈一贯都待罪在家后，只剩沈鲤一个人主持内阁工作。
因此，内阁首辅沈一贯指使钱梦皋，诬陷内阁大臣沈鲤等人。
这也让更多人参与进诬告中，引发了一场大狱，牵连了许多人。
一时间，京师人人自危。
五天后，东厂和三法司的会审始终不能定案，朱翊钧震怒，下诏责问会审众官，众官惶惶不安，都想要尽快找到一只替罪羊。
十天后，替罪羊皦生光终于出现。
皦生光生性狡诈，专门以“刊刻打诈”为生。
曾经有富商委托皦生光代纂诗集，皦生光故意在诗集中放了一句“郑主乘黄屋”，暗示郑贵妃为自己的儿子夺取皇位，并在刊刻后讹诈富商，富商情知上当，却也无可奈何，只好出钱了事。
不仅如此，皦生光还拿着这诗集去讹诈郑贵妃的兄弟郑国泰，郑国泰知道朝野上下舆论都对郑贵妃不利，也只好出钱了事。
此时，皦生光的这些事迹全部曝光，会审众官如获至宝，立即将其逮捕，屈打成招。
尽管所有人都明白“妖书案”其实与皦生光无关，都知道《续忧危竑议》一定是熟悉朝廷的大臣写的，但为了平息事端，众人还是选择了匆匆结案，皦生光被凌迟处死，家属发配边疆。
皦生光死后，离奇的“妖书案”就此不了了之，“妖书”的真正作者始终没有人知道。
万历三十二年（188