当然，如果不愿意西迁，想留在国内，也可以。
留在漠西、青海的卫拉特蒙古各部，必须像漠南蒙古各部、漠北喀尔喀蒙古那样，成为朝廷直辖的游牧卫所，不允许羁糜卫所存在。
经过连年的瘟疫、战乱等天灾人祸，漠西的卫拉特蒙古各部都虚弱不堪，没有力气再战了。
于是，大部分选择西迁。
也有小部分选择留在漠西的，将会与明朝从漠南迁移过来的游牧卫所军户，以及川楚流民混编，并世代通婚，相互融合。
青海地区经过先前的罗布藏丹津之乱，和硕特蒙古各部的羁糜所，原本就被上面的朝廷直辖卫压制得死死的，无力反抗。
此时，也有不少选择西迁，剩下的也都接受了朝廷的直辖。
至此，除黑水的索伦人、漠北的布里亚特蒙古人、西藏的“霍尔三十九族”、青海的“玉树等四十族”，以及西南六省之外，大明境内，已经没有羁糜统治地区，完全都被朝廷掌控。
而在额济勒河（伏尔加河）下游，敦罗布喇什得知明朝将会把漠西的卫拉特蒙古各部、青海的和硕特余部都迁移过来，并帮助他们抵抗沙俄的入侵，也是欣喜不已。
现在，他已经完成了对原本土尔扈特汗国的集权。
但沙俄的移民潮不断涌入，压缩土尔扈特人的生存空间，他正愁怎么反制呢。
在明朝的支持下，等国内的卫拉特蒙古各部迁移过来，他就能重新制定汗国的秩序，进一步清洗汗国内的亲俄派，摆脱沙俄的控制。
当即，敦罗布喇什接受了朱见深以“天可汗”的名义，封给他的“卫拉特汗”之号。
而土尔扈特汗国，也升级为卫拉特汗国。
就在天山以北的卫拉特蒙古诸部逐渐西迁，明朝组织的川楚流民逐渐往西域移民的同时，天山以南，却再次陷入动荡中。
成化十五年（1755），明军进入伊犁后，释放了在策妄阿拉布坦时期被监禁的和卓家族，阿睦尔撒纳叛乱时，他们又趁机逃回天山以南。
回到天山南麓以后，对明军将他们从准噶尔汗国的监禁中释放出来，他们不但没有感恩，反而妄图割据天山以南。
成化十六年（1756），得知明朝决定在天山以南设立关西布政使司，并打算向这里迁移川楚流民后，他们更是公开反叛。
1757年，成化十七年。
二月，朱见深命威宁伯王越为定西将军，命太监汪直总督军务，再次率领大军，平定大小和卓之乱。
年底，明军攻占喀什噶尔、叶尔羌，大小和卓兄弟西逃。
明朝在喀什噶尔设疏勒卫，以做西部边陲重镇，镇守边疆。
战后，王越、汪直请求班师。
朱见深不许，让他们在疏勒镇守，只召回了其他将吏，及京营将士。
王越与汪直派兵追击大小和卓，并传檄浩罕、那木干、安集延、玛尔噶朗等处，令其协同搜捕。
1758年，成化十八年。
由于汪直久在边镇，恩宠日衰。
三月，朱见深罢除西厂，仍留汪直镇守西域。
八月，朝中大臣怕汪直与王越勾结，报复他们，于是向宪宗进言，调王越镇守伊犁，而令原来的伊犁守将许宁镇守疏勒。
临行时，王越对前来送行的关西巡抚郭镗说：“许宁虽然屡经战阵，安分守己，但并不是统军之才。朝廷重用许宁，一定会要坏事的。”
后来，许宁在疏勒，处处与汪直针锋相对，什么事都与他唱反调，且为人刚愎自用，果然如王越所说坏事。
1759年，成化十九年。
六月，关西巡抚郭镗上奏，说汪直与总兵许宁不和，恐怕耽误边事。
于是，朱见深将汪直调往南京御马监任职。
汪直被调走后，许宁在葱岭追击大小和卓时大败。
朝臣