在与沙俄交战的过程中，明军也发现了自己的不足。
虽然，明朝在穿越之后，继承了前朝的发展成果，军队里配备的，也不是两百多年前元末的老古董，而是明末常见的鸟铳火绳枪。
但是，相比于沙俄已经开始列装、欧洲已经普遍使用的燧发枪，还是有所不足。
好在前朝末年，就已经有了自生火铳。
朱元璋在发现罗刹国人大量装备了燧发枪以后，便让陶广义参考缴获的燧发枪，以及前朝流传下来的自生火铳，开始大批量生产，并让明军大量装备。
优先装备北征罗刹国的明军，其次才是推广全军。
此后两百年，一直到鸦片战争，自生火铳一直都是明军的主力装备。
除了自生火铳，前朝流传下来的《神器谱》《军器图说》等书中记载的各种火器，也在陶广义的手上得到了改进和发展。
后来，各种各样的火器也被制造出来，用于北征罗刹国的实战之中。
在明军北征罗刹国期间，也一直关注着蒙古各部。
洪武九年（1652），西藏喇嘛教黄教领袖、五世达赖喇嘛阿旺洛桑嘉措，前来南京朝觐。
早在65年前，前朝中央政府便封三世达赖喇嘛索南嘉措为“朵儿只唱”。
作为前朝的继承者，明朝当然有权力对现在的达赖喇嘛进行册封。
虽然前朝末年，卫拉特蒙古的和硕特部割据西藏，前朝册立的三大法王、五大地方之王的体系也崩溃了，但西藏的主权属于中国，这是毋庸置疑的。
就算是现在占据西藏的固始汗，也已经在洪武三年，上表臣服明朝。
现在的青藏高原，想要继续实行前朝“多封众建，因俗以治”的政策，是不合适了。
但对于喇嘛教领袖与和硕特汗国汗王的册封，还是要继续的。
洪武十年（1653），朱元璋正式册封五世达赖喇嘛阿旺洛桑嘉措，颁赐金印、金册。
洪武十一年（1654），朱元璋正式册封和硕特汗国汗王固始汗，颁赐金印、金册。
至此，明朝中央政府正式取代前朝，恢复了对西藏的主权。
而此举，也为日后达赖一系与和硕特汗王在争权夺利的过程中，主动邀请明朝中央政府参与西藏地方具体事务的管理，埋下了伏笔。
洪武十年（1653），卫拉特蒙古准噶尔部首领巴图尔珲台吉逝世，其第五子僧格继承台吉之位，但众兄弟不服，起兵反叛。
准噶尔部陷入内战中。
朱元璋得到消息后，意识到西北恐有变乱。
洪武十一年，封秦王朱樉于西安，封晋王朱棡于太原，封燕王朱棣于北平，开始构筑北境防线。
洪武十二年（1655），卫拉特蒙古和硕特部首领、和硕特汗国汗王固始汗逝世，其长子达延鄂齐尔汗继承和硕特汗国汗王之位。
而青海地区的和硕特部族，被一分为十，分别由固始汗的10个儿子统领，都称台吉。
达延鄂齐尔汗在位期间，西藏和硕特汗国汗王的权力被削弱，五世达赖喇嘛扩大了他在世俗的权力。
朱元璋得到消息后，继续分封塞王，构筑北境防线。
虽然现在的蒙古人看起来比两百多年前好打多了，女真人的威胁也解除了，但更北边却出现了罗刹国。
蒙古各部纷争不断，内部又极其不稳，难保将来不会有多尔衮那样，与罗刹国勾结作乱的蒙古部族首领。
更何况，有两宋那血淋淋的例子在，前朝也差点被来自塞外的满洲人夺了天下，朱元璋不得不防。
于是，此后十几年，朱元璋参考元朝的宗王出镇制度，不断将自己的儿子分封出去，统管各边塞要地的军队。
由北到南，构筑了三道防线。
将喀尔喀蒙古从北到南半包围了起来，也将卫拉特蒙古的准噶尔部