基因武器是指利用基因工程技术研制的新型生物战剂，又称作第三代生物战剂，是现代新概念武器的又一发展方向。
基因武器运用先进的遗传工程技术，用类似工程设计的办法按人们的需要通过基因重组，然后在一些致病细菌或病毒中接入能对抗普通疫苗或药物的基因，或者在一些本来不会致病的微生物体内接入致病基因而制造成生物武器。
尤其合成生物学的发展，可实现人工设计与合成自然界并不存在的生物或病毒。
它能改变非致病微生物的遗传物质,使其产生具有显著抗药性的致病菌，利用人种生化特征上的差异，使这种致病菌只对特定遗传特征的人们产生致病作用，从而有选择地消灭敌方有生力量。
所以在军事领域，基因工程是一种可以使一个种族灭绝的超级武器。
因为人的任何形态都反映了他的基因，因此用基因武器杀人，可以达到灭绝种族的目的。
比如说用特定的基因武器可以杀死所有红褐色头发的人，也可以只杀矮个子或高个子，蓝眼睛或黑眼睛的人。
比如某些国家就在准备制造“种族变异病毒”，通过对具有群体遗传特点的人体细胞、组织器官和机体系统，施加目标明确的化学或生物影响，使基因密码出现差错，从而达到杀人的目的。
而且神不知鬼不觉，别认为以为是自身的原因，或某种自然状况。
如果不特定种群，只要求杀伤力，只要将毒性明显的基因材料导入细菌病毒或人的病毒可以取得能在短期内使大量人员死亡的细菌武器。
而且基因武器的使用方法简单多样。
可以用人工、飞机、导弹或火炮把经过遗传工程发行过的细菌、细菌昆虫和带有致病基因的微生物，投入它国的主要河流、城市或交通要道，让病毒自然扩散、繁殖，使人、畜在短时间内患上一种无法治疗的疾病，使其在无形战场上静悄悄地丧失战斗力。
由于这种武器不易发现且难防难治，一些科学家对它的忧虑远远超过了当年一些核物理学家对原子弹的忧虑。
关注基因武器在人类基因组多样性的研究中，已经发现人种之间确实存在基因的差异。
这种差异，很可能被种族主义者和恐怖主义分子所利用。
他们可以根据不同种族基因组多样性特点，采用基因工程技术手段,设计，研制出针对某一种族的基因武器，从而对某一种族或国家的安全造成潜在的和巨大的威胁。
在战略上，基因武器将使作战方式发生明显变化。
使用者只需要在临战前将经过基因工程培养的病菌投入他国，或利用飞机、导弹等将带有致病基因的微生物投入他国交通要道或城市，让病毒自然扩散、繁殖，使敌方人畜在短时间患一种无法治疗的疾病，从而丧失战斗能力。
此外，基因武器可根据需要任意重组基因，可在一些生物中移入损伤人类智力的基因。
当某一特定族群的人们沾染上这种带有损伤智力基因的病菌时，就会丧失正常智力。
在战术上，基因武器不易被发现，将使对方防不胜防。
因为经过改造的病毒和细菌基因，只有制造者才知道它的遗传“密码”，其他人很难破译和控制。
同时，基因武器的杀伤作用过程是在秘密之中进行的，人们一般不能提前发现和采取有效的防护措施。
一旦感受到伤害，为时已晚，在此之前早已遭到基因病毒的侵袭,很难治疗。
此外，基因武器还有成本低、持续时间长、使用方法简单、施放手段多样、不破坏敌方基础设施和武器装备等特点,具有较强的心理威慑作用。
联邦已经研制出一些具有实战价值的基因武器．比如在普通酿酒菌中接入一种在非洲和中东引起可怕的裂各热细菌的基因,从而使酿酒菌可以传播裂各热病。