小智三人接到大木博士的电话后就马不停蹄的回到了真新镇，先是回家休息了一晚后来到了大木研究所。
“大木博士有什么事吗？这么着急忙慌的把我们叫回来。”小智三人来到大木博士面前后问道。
“是这样的，橘子群岛的内木博士发现了一颗特别的精灵球，怎么也打不开，我希望你们去帮我取回来。”大木博士如实说道。
“既然是精灵球为什么不直接传送过来呢？”小霞此时不解的问道。
“因为不知道什么原因传送不过来，所以我才想让你们去帮我取一下，小茂去特训了，小火总是冒冒失失的我也不放心，小悦则是忙着饲育家的考核也没时间我只能拜托你们了。”大木博士无奈的说道。
“那就交给我们吧，正好去挑战一下橘子群岛的橘子联盟。”小智直接答应了大木博士的请求。
后面又和大木博士聊了一会后对复制宝可梦做了一系列检查之后，发现复制宝可梦不仅比本尊强，因为基因残留的缘故还学会了一些本尊无法学习的属性的技能，就离开了大木博士研究所。
小智三人从大木研究所回到家后，小智首先定好了前往橘子群岛的飞行艇的票。
“妈，我受大木博士的嘱托明天要去橘子群岛一段时间。”小智来到花子的面前说了一下大木博士的委托道。
“我知道了，前往橘子群岛的票定好了吗？”花子听到小智的话后询问道。
“刚刚就定好过了，来和妈你说一声。”小智如实说完后就前往小世界了。
原本他可以利用幻月的力量直接穿越空间到橘子群岛的，但是小智想到前生今世都没坐过飞行艇就没有做了，他想体验一下飞行艇。
第二天小智三人起床告别了花子来到了事先定好飞往橘子群岛的飞行艇的所在地，无视了火箭队三人组的邀请坐上了事先定好的飞行艇，虽然小智有实力从飞行艇平安逃脱，但是谁没事干了好好的飞行艇不坐去坐明知道有危险的飞行艇呢？
小智三人坐着定好的飞行艇顺利的到达了岱杆岛，根据指引来到了内木博士研究所。
进入到内木博士研究所后，很快小智三人就遇到了一位头发很乱的女研究员。
“您好，请问内木博士在吗？我们是受大木博士所托来拿gs球的。”小智上前询问道。
“你们就是大木博士派来拿gs球的训练家啊，内木博士现在正在海边投喂宝可梦，我现在就带你们过去吧。”女研究员听到小智三人的来历后说道，说完在前面带路。
“吼吼吼吼吼吼吼吼！！！！”此时远方传来一只宝可梦的怒吼声。
“不好！！！出事了。”小智四人听到这道声音发觉不妙快步朝着声音来源地跑去。
小智四人赶到后一个身穿怪异衣服的男子开着一艘船撒出特殊的渔网将很多宝可梦抓了起来，刚刚的声音是从被抓的宝可梦里面的暴鲤龙发出来的。
就在男子洋洋得意时异变发生了，一道红柱冲天而起将所有被抓住的宝可梦全部都包裹了进去，被红柱包裹住的宝可梦们挣脱了渔网的束缚身体不断变大着，天上红云密布。
“不好！！！极巨能量暴走了，把所有被抓住的宝可梦都极巨化，小刚小霞还有研究员麻烦你们快点去疏散人群，这里交给我来处理。”小智看到冲天而起的红柱就顿感不妙，跑步的速度再次加快但是还是晚了一部，被抓住的宝可梦们都完成了极巨化对小霞小刚和女研究员说道。
“好，小智你也注意一点。”小霞和小刚知道小智的实力的，拉着女研究员和内木博士离开了此地。
“那就交给你了皮卡丘，皮卡丘超级巨化！！皮卡丘使用超级巨万雷轰顶。”这些极巨化宝可梦实力不咋地还不需要闪电鸟他们出手所以小智选择将皮卡丘超级巨化来处理。
小智将极巨化能量传递给皮卡丘后，将